Le Pâquier liegt auf 895 m ü. M., 13 km nordnordöstlich der Kantonshauptstadt Neuenburg. Das Bauerndorf erstreckt sich in einer Talweitung des Baches Ruz de Chasseran oberhalb der Klus von Chenau, im Neuenburger Jura westlich des Chasseral. Die Fläche des 9,6 km² grossen Gemeindegebiets umfasst die Talweitung von Le Pâquier, die im Süden durch die Klus von Chenau und die Höhe von Les Planches begrenzt wird.

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